A magyar reformáció

A lutheri reformáció már a mohácsi években mejelent magyarordzágon, a királyi udvarban - Habsburgi Mária környezetében -, valamint a német lakossábú szabad királyi és szász városokban talált követőkre. A magyar köznemesség kezdetben elutasító volt az idegen tanokkal szemben, országgyűlési fő- (fej-) és jószágvesztéssel, később mágjahalálla fenyegette az új hit terjesztőit. Ezzel szemben a főnemesség egy része érdeklődött, így az első lutheráns központok a nagybirtokokon jöttek létre.
Az első magyar reformátorok az egykori katólikus papok vagy szerzetesek voltak, mások humanista tudósokból váltak az uj hit terjesztőivé.
Legjelentősebbek: Dévai Bíró Mátyás, Kalmáncsehi Sánta Márton, Sztárai Mihály és Szegedi Kis István. A z 1530-as években már Kálvin tanításai is elterjedtek, főleg a mezővárosokban, a flavakban és a végvári katonáknál. Ezek következtében a katolicizmus visszaszorult, az arányokat majd csak későbbi ellenreformáció változtatta meg. A protestáns vallás terjedését elősegítette, hogy Luther is a kereszténység ellenségének könyvelte el a törököket. Az 1560-as évekre kialakult a protestáns egyházszervezetm, létrejöttekaz egyházkerületek, azokon belül az egyházmegyék és zsinatokat is tartottak. Az egyházkerületek egymástól függetlenek voltak és élükön püspökök álltak. A katólikus és protestáns lelkészek között gyakran folyt vita, később a protestáns felekezetek papjai között is. A kor legnagyobb hitvitázója (a debreceni református püspök) Méliusz Juhász péter volt, aki megfogalmazta az Eger völgyi hitvallást. Megjelentek Magyarországon a reformáció radikálisabb irányzatai is, közöttük a Szentháromság-tagadó hit, mellyel János Zsigmond is rokonszenvezett. AZ előbbi és az anabaptizmus elsősorban az Erdélyben tudott gyökeret verni. 1568-ban az erdélyi-országygűlés törvényében mondta ki a négy "bevett" vallás (katóliokus, református, evangélikus és antitrinitárius) szabad gyakorlását. Az unitáriusok legnevesebb püspöke Dávid Ferenc  volt, aki később a szombatosokhoz vagy zsidózókhoz csatlakozott, ezért börtönben halt meg.
A protestantizmus  és a katólikus egyház sorsa eltérően alakult a 3 országrészbern.
- A Királyi Magyarországon megmaradtak az egyházi birtokok és a katólikus főpapság  megtarthatta politikai befolyását. A protestáns földbirtokosok sem  kívánták a katólikus egyház kiszorítását a politikai hatalomból. Az új hitet csak a földbirtokokon belül támogatták.Az ellenreformáció a század közepén indult meg, Oláh Miklós esztergomi érseksége alatt, de komoly eredményeket még nem hozott.
- Erdélyben  1556-ban sz örszággyűlés adta a kincstár kezébe az egyházi javakat. A fejedelmek felvették a protestáns egyházak világi elöljáróinak szerepét. A katólikusok teljesen kiszorultak a politikai életből, sőt 1556-ban született törvény, amely szerint minden katólikus  egyházi személynek távoznia kell Erdélyből. A katólikus vallásszabadság visszaállítására Báthori István alatt került sor 1581-ben.
- A hódoltságban a források tudósítása szerint a katólikus- és protestánsellenes fellépésekről egayaránt tudósítanak.